La presa de Artajona se sitúa entre los tramos quinto y sexto del Canal de Navarra, constituyendo el final de uno y el origen del otro. El quinto termina en la cabecera del embalse, entregando sus caudales en lámina libre, mientras que el sexto parte de la presa en sifón, salvando la vaguada de la NA-6020.
Se proyecta con núcleo impermeable central grueso, formado con arcillas existentes en el vaso y espaldones de todo uno de margas alteradas y con areniscas. Dicho núcleo se corona a la cota 502,70, por encima del nivel de la avenida extrema, con un ancho de cinco metros y taludes 0,6H:1V aguas arriba y 0,25H:1V aguas abajo, cimentándose en el sustrato impermeable. El espaldón aguas arriba se dispone con talud 3H:1V, protegiéndose mediante un manto de escollera con un espesor de 60 centímetros formado con rocas; y el de aguas abajo, con 2,1H:1V –protegido mediante una capa de tierra vegetal– y una berma de cuatro metros de ancho a la cota 490. En las secciones de mayor altura, el drenaje interno está compuesto por un filtro-dren chimenea de 3,50 metros de espesor, situado entre el núcleo y el espaldón de aguas abajo, y se prolonga formando otro de base con salida al pie de aguas abajo de la presa. En las laderas, a partir de cierta altura, ese filtro-dren chimenea cuasi vertical disminuye de espesor hasta un mínimo de dos metros, ancho que se considera suficientemente seguro. En este mismo punto, el dren de pie, prolongación del anterior, reduce su espesor hasta los 1,20 metros, drenando los caudales filtrados hacia la zona central.
Para el aliviadero y las tomas de agua, se construye un estribo de hormigón en la margen izquierda, sobre el que se apoya la presa de materiales sueltos. La obra de toma comienza con una embocadura formada por una plataforma de llegada, que se limita lateralmente por los muros del aliviadero y el de sujeción de tierras. A continuación, se encuentra una zona de contención con las rejas de desbaste y dos conductos cuadrados. En el paramento aguas arriba se disponen una ataguía y una compuerta vagón de cierre de cada conducto; y en el de aguas abajo, se prolongan mediante muros verticales que soportan las compuertas y las correspondientes ranuras para ataguía. El aliviadero lateral está adosado a la ladera, junto al estribo izquierdo, y descarga en lámina libre.
La descarga de las tomas se realiza al cuenco de transición, al final del cual se dispone la embocadura del sifón, protegida con rejas y equipada con ataguías y compuertas tipo vagón, tras las que se emplaza una doble arqueta donde embocan las tuberías del sifón, que constituye el inicio del tramo sexto.
Por último, se encuentra el aliviadero, separado del de transición por un muro vertedero sobre el que desaguan los caudales sobrantes y permite mantener cerrados los conductos sifónicos en épocas de mantenimiento, asegurando el desagüe de una posible avenida.
El desagüe de fondo consta de toma, galería de carga, cámara de válvulas, galería aguas abajo y obra de entrega al canal de descarga. Su planta está constituida por dos alineaciones rectas con sección rectangular a cielo abierto, unidas por un módulo curvo, en el que se realiza la transición de anchos, seguido de otro tramo cerrado mediante una losa superior donde desembocan los dos conductos. La obra de descarga se construye para conducir al cauce del arroyo de Las Cabras los caudales desaguados sobre el vertedero del cuenco-aliviadero.
Finalmente, se ejecutan una serie de caminos de acceso que se conectan con la red de carreteras, concretamente con la NA-6020, para comunicar la presa, el edificio de control y el tramo quinto del Canal de Navarra.

Edificio de control y mantenimiento
En las inmediaciones de Artajona, se erigen el edificio de control y la nave de mantenimiento. El primero se divide en varios espacios, según su funcionalidad: vestíbulo, zona de oficinas, sala de conferencias y área de servicios.
La entrada se produce a través de una losa que vuela sobre el estanque de agua, desde el que se llega al vestíbulo, conformado por un cubo de cristal de diez metros de lado que funciona como una rótula de unión entre las distintas dependencias. Las oficinas, independientes aunque unidas al resto mediante ese vestíbulo, se desarrollan en dos plantas totalmente diáfanas: en la baja se encuentran la atención al público, el archivo, la secretaría, la dirección, la sala de reuniones, la oficina técnica y los aseos y en la primera, las salas de control y ordenadores, las dependencias del gabinete técnico y del personal de mantenimiento y más aseos. El salón de conferencias consta de una sola altura y tiene una capacidad para unas cien personas sentadas. En cuanto a la zona de servicios, su distribución se realiza alrededor de un patio rodeado por un pasillo que da acceso a las distintas estancias: comedor privado y de personal, cocina, vestuarios, lugar de descanso y aseos. La cubierta, al igual que la de la sala de conferencias, es plana. El edificio se diseña con una estructura de pilares, muros y vigas de hormigón armado y forjados unidireccionales, compuestos por nervios de viguetas pretensadas con armadura de acero. El cerramiento se resuelve con aplacado de piedra colgada.
Finalmente, la nave de mantenimiento se plantea independiente del resto del conjunto, comunicándose con el bloque de control mediante una carretera asfaltada. De planta rectangular y con una altura de más de siete metros, se unifican en un único pabellón los servicios de taller mecánico, el parking cerrado de maquinaria y el almacén. Además, dispone de cuatro grandes puertas para los vehículos y de otras dos para el personal.
Se ejecuta con estructura metálica de pilares y vigas de acero laminado, cerramiento de bloques de hormigón y cubierta de panel sandwich. Anexo a ella, se crea un aparcamiento exterior.